《無人駕駛航空器飛行管理暫行條例》規定，構成違反治安管理行為或者其他行政違法行為的，依法給予治安管理處罰或者其他行政處罰；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
這條是關于處罰的條款，而且是所有處罰條款中唯一涉及公安機關可能對違法人員進行限制人身自由處罰的條款。因其沒有闡述具體行為和情節，因此公安機關在處罰時將根據具體情況并依據相適應的法律條款進行處罰，其涉及的案由輕則可以是擾亂公共場所秩序，重則可能涉及尋釁滋事、過失致人死亡等等。
根據民航局、公安局2018年1月2日修訂印發了《民航公安行政處罰裁量基準》（該《裁量基準》針對非法飛行無人機危害民航運輸安全與秩序的違法犯罪行為提出了指導意見，并提出了具體的處罰方法。其中最為主要的規定在于：
七、沖闖機坪、滑行道、跑道，攔截、強登航空器，對航空器設置障礙或者放飛無人機，干擾、阻礙航空器正常運營。
【處罰依據】《治安管理處罰法》
第二十三條第一款第四項
有下列行為之一的，處警告或者二百元以下罰款；情節較重的，處五日以上十日以下拘留，可以并處五百元以下罰款：（一）擾亂機關、團體、企業、事業單位秩序，致使工作、生產、營業、醫療、教學、科研不能正常進行，尚未造成嚴重損失的；（四）非法攔截或者強登、扒乘機動車、船舶、航空器以及其他交通工具，影響交通工具正常行駛的；
第二款聚眾實施前款行為的，對首要分子處十日以上十五日以下拘留，可以并處一千元以下罰款。
【違法情形和處罰基準】
1、下列情形之一，處五日以上十日以下拘留，可以并處五百元以下罰款：（1）非法攔截、強登航空器；（2）攀爬、鉆越、損毀機場防護圍欄及其他安全防護設施的；（3）擅自穿越滑行道、跑道的；（4）故意設置障礙，非法攔截航空器；（5）聚眾妨礙交通工具正常行駛行為的；（6）實施妨礙航空器正常行駛其他行為，不聽勸阻。
2、聚眾實施者，對首要分子，處十日以上十五日以下拘留，可以并處一千元以下罰款。
3、有涉嫌犯罪的情形，及時立案偵查：（1）非法攔截、強登航空器，致使人員受傷、財物損毀等后果達到刑事立案標準的；（2）在擾亂機場秩序過程中造成他人人身傷害，且達到刑事立案標準的。
十四、違規飛行無人機
【處罰依據】《治安管理處罰法》
第二十三條有下列行為之一的，處警告或者二百元以下罰款；情節較重的，處五日以上十日以下拘留，可以并處五百元以下罰款：
（一）擾亂機關、團體、企業、事業單位秩序，致使工作、生產、營業、醫療、教學、科研不能正常進行，尚未造成嚴重損失的；
（二） 擾亂車站、港口、碼頭、機場、商場、公園、展覽館或者其他公共場所秩序的；聚眾實施前款行為的，對首要分子處十日以上十五日以下拘留，可以并處一千元以下罰款。
第二十六條有下列行為之一的，處 5 日以上 10 日以下的拘留，可以并處500 元以下罰款；情節較重的，處 10 日以上 15 日以下拘留，可以并處 1000 元以下罰款：
（四）其他尋釁滋事行為。
第五十條有下列行為之一的，處警告或者 200 元以下罰款；情節嚴重的，處 5 日以上 10 日以下拘留，可以并處 500 元以下罰款：
（四）強行沖闖公安機關設置的警戒帶、警戒區的。阻礙人民警察依法執行職務的，從重處罰。
第六十四條有下列行為之一的，處 500 元以上 1000 元以下罰款；情節嚴重的，處 10 日以上 15 日以下拘留，并處 500 元以上 1000 元以下罰款：
（二）未取得駕駛證駕駛或者偷開他人航空器、機動船舶的。
《刑法》第一百一十五條
放火、決水、爆炸、投毒或者以其他危險方法致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失的，處十年以上有期徒刑、無期徒刑或者死刑。
過失犯前款罪的，處三年以上七年以下有期徒刑；情節較輕的，處三年以下有期徒刑或者拘役。
【違法情形和處罰基準】
1、以下情形處五日以上十日以下拘留，可以并處五百元以下罰款：
（1）在民用機場范圍內和機場凈空保護區域內，違規飛行無人機的；
（2）在警衛活動現場進行違規飛行的；
（3）出現墜地事故，造成人員傷害、財產損失，擾亂單位秩序或者公共場所秩序的。
2、以下情形處 10 日以上 15 日以下拘留，并處 500 元以上 1000 元以下罰款：
（1）未按《民用無人機駕駛員管理規定》取得資質，從事無人機飛行活動的；（2）大型活動期間，在民用機場范圍內和機場凈空保護區域內，違規飛行無人機的。
3、有涉嫌犯罪的情形，及時立案偵查：
（1）非法飛行無人機，可能危及飛行安全的；
（2）在國家機關工作人員、人民警察依法執行職務，開展無人機管理活動中，采用暴力、脅迫方法妨礙其依法執行職務的。
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